A poluição do pantanal tem se acelerado com a crescente ocupação urbana das bacias hidrográficas que entornam o Pantanal propriamente dito. No caso da região norte do Pantanal, a questão é mais preocupante, uma vez que além da poluição urbana, somam-se à mesma a poluição dos garimpos de ouro e diamante. Concomitante a isso nota-se uma destruição gradual dos seus entornos através das nascentes dos rios, dos agrotóxicos e fertilizantes das lavouras. Outro ecossistema ligado diretamente ao Pantanal é o Cerrado, cujo aproveitamento econômico, através do plantio de extensas lavouras de soja e outros produtos, tem impactado negativamente toda a região do Pantanal.
Erosão
O mau uso do solo nas sub-bacias que compõem o Pantanal faz com que os processos erosivos aumentem de intensidade ano a ano, aumentando por conseguinte a quantidade de resíduos totais e o transporte de sedimentos no leito dos rios.
Sub-Bacia do Rio Cuiabá
A principal sub-bacia comprometida é a bacia do rio Cuiabá. De acordo com levantamentos preliminares dos técnicos da FEMA, feitos a partir do Projeto de Monitoramento da Qualidade da Água (MQA), 71 indústrias são potencialmente poluidoras, sendo que 30,9% são responsáveis por toda a carga de origem industrial lançada principalmente nos rios Cuiabá e Coxipó. Os córregos da Prainha, Gambá, Mané Pinto, Barbado e o rio Coxipó recebem diretamente em seus leitos e sem qualquer tratamento a carga de esgoto da Grande Cuiabá (Cuiabá e Várzea Grande). Nas praias de Santo Antonio do Leverger (a poucos quilometros de Cuiabá) o alto índice de coliformes fecais registrado torna impróprio o banho de moradores e turistas.
Poluição Urbana
A poluição urbana, além de seus dejetos naturais, origina-se principalmente de: - usinas de cana-de-açucar; - frigoríficos; e - curtumes.
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